Hovedpersonen, den 10-årige Arthur, bliver i sin sommerferie passet af sin bedstemor ude på landet. Arthurs bedstefar forsvandt på mystisk vis for fire år siden, men i sit gamle bibliotek har han efterladt notater om sin opdagelsesrejse i Afrika. Her finder Arthur beskrivelser af den 2 mm høje stamme Minimoyserne, som lever i perfekt harmoni med naturen. I midlertidig er bedstemorens hus truet med nedrivning, og for at redde huset søger Arthur efter en ukendt rubin-skat som hans bedstefar angiveligt skulle have bragt hjem fra Afrika. Men ved magiske tilfældigheder ender Arthur selv i Minimoysernes verden, hvor han møder den smukke prinsesse Selina og hendes bror Betameche. Sammen indgår de i et forunderligt eventyr i Minimoysernes fortryllende verden. På tre dage skal Arthur finde skatten, bekæmpe en invaderende mosquito-hær og overvinde en ond troldmand, men Arthur vil opdage at selv de mindste helte kan gøre den største forskel.